La Cofradia o Hermandad de Nuestra Señora de Botoa se fundó en el año 1567, datando la imagen actual de 1713. Como curiosidad importante, hay que señalar que en su reciente restauración, llevada a cabo por Isaac Navarrete, ha aparecido un documento en su interior de la imagen donde se cita el nombre de su autor, Miguel Sánchez Taramas, dato hasta hoy desconocido.

Parece ser que la Virgen de Botoa o de Votoba, como era conocida antiguamente, ya existia a finales del siglo XIV o principios del XV, junto con la ermita de su nombre, ubicandose sobre un antiguo asentamiento romano denominado Budua, de donde toma su denominación original.

La multitudinaria devoción a esta Virgen, considerada como Copatrona de Badajoz, hacía que la población recurriese a ella en épocas de desgracias naturales, epidemias y otros acontecimientos, para lo que era traida habitualmente a la ciudad, recibiendola en la Puerta de Palmas el obispo y el pueblo de Badajoz, siendo trasladada posteriormente a la Catedral, donde era objeto de multiples celebraciones religiosas, tradición recuperada hace unos años.